Osmanlı Tahtına on üçüncü padişah olarak çıkan Üçüncü Mehmet, 26 Mayıs 1566 tarihinde Manisa sarayında dünyaya geldi. Babası Üçüncü Murat, annesi Safiye Sultan olan Üçüncü Mehmet, çok kuvvetli bir tahsil gördü.
Üçüncü Murat, 1595 tarihinde Topkapı sarayında öldüğü zaman, Safiye Sultan bu ölümü kimseye haber vermedi. Görevlileri gizlice Manisa’ya göndererek oğlunu tahta davet etti. Üçüncü Mehmet, 27 Ocak 1595 tarihinde tahta oturdu. Biat töreninden sonra, Üçüncü Murat’ın cenaze namazı kılındı ve merasimle kaldırıldı. Bundan sonra, Üçüncü Mehmet, Haremi Hümayın’a gitti ve Mustafa, Osman, Bayezit, Cihangir, Abdullah, Abdurrahman, Hasan, Yakup, Alemşah, Yusuf, Hüseyin, Korkut, Ali, İshak, Ömer, Alaeddin, Murat adlı kardeşlerinin idamlarını emretti. Üçüncü Murat’ın cariyerlerinden olan kızlar eski saraya gönderildi. Gebe cariyerler Marmara denizine atılarak boğduruldu. Devleti devam ettirmek ve saltanat tahtına oturmayı kardeş sevgisinden üstün tutan Üçüncü Mehmet’in tahta çıkışı kanlı ve feci olmuştu.
Üçüncü Mehmet, bir Türk kızı olan Handan Sultan’la evlenmişti. Sessiz ve kibar olan Handan sultan, saray entrikalarına karışmamış çocuklarının terbiyesi ile meşgul olmuştu. Çocukları Şehzade Ahmet, Cihangir, Selim ve Mahmut idi. Şehzade Selim, kızıl hastalığından öldü. Şehzade Mahmut, on altı yaşında öldü. Bu evlilikten İki de kızı olan Üçüncü Mehmet, kızlarından birini Davut Paşa ile diğer kızını Kaymakam Mustafa Paşa ile evlendirdi.
Üçüncü Mehmet, hayatının son yıllarında onaltı yaşında bulunan oğlu Şehzade Mahmut’u boğdurmuştur. Şehzadenin idamına sebep, bir şeyhin bu zavallının falına bakması, tahta çıkacağını müjdelemesi, Şehzadenin bu habere sevinip şeyhe teşekkürlerini iletmesi ve bunu duyan birisinin Üçüncü Mehmet’e haber vermesidir.
Edebiyat ve şiire merakı olan Üçüncü Mehmet’in saltanatı 8 yıl, 10 Ay, 25 gün sürdü. Hem kardeşlerinin hem de evladının ölümüne sebep olan bu sultan 21 Aralık 1603 tarihinde, 37 yaşında kalp krizinden öldü. Bir törenle Ayasofya avlusundaki türbesine gömüldü.
