Ergün Aybars 1941de İstanbulda doğdu. Çankırı Lisesini ve Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümünü bitirdi. Aynı Fakülte de Türk İnkilâp Tarihi Enstitüsüne asistan oldu.
1972de İstiklâl Mahkemeleri 1920-1923konulu teziyle Tarih Doktoru oldu. 1973-1974 döneminde yedek subaylığını Genelkurmay Harp Tarihi Başkanlığında takdirname alarak tamamladı. 1976-1977 arası bir yıl süreyle araştırmaları için İngilterede bulundu. 1979 yılında İstiklâl Mahkemeleri 1923-1927 konulu teziyle doçent oldu. 1980 yılında Ege Üniverisitesi Edebiyat Fakültesinde Türkiye Cumhuriyeti Tarihi Doçenti olarak göreve başladı. Ege Üniversitesi Atatürk İlkeleri Bölüm Başkanlığı, Tarih Bölümü Başkanlığı, Tarih Bölümü Bnaşkanlığı ve Edebiyat Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerinde bulundu. 1983 yılında Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Atatürk Araştırma Merkezi bilim kurulu üyeliğine atandı. 1995 yılında bu üyeliğinden istifa etti.
1987 Şubat ayında Profesör olan Ergün Aybars, Dokuz Eylül Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkilap Tarihi Enstitüsü Müdürlüğüne atandı. Halen aynı görevini sürdürmektedir. Türk Silahlı Kuvvetleri Atatürk Araştırma ve Eğitim Merkezi bilim kurulu üyesidir.