1976 yılında doğan Murat Çetinkaya, Boğaziçi Üniversitesi İİBF Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü ve çift-anadal programı kapsamında aynı üniversitenin Fen Edebiyat Fakültesi Sosyoloji Bölümü’nden mezun oldu.
Boğaziçi Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde yüksek lisansını tamamlayan Çetinkaya, halen aynı üniversitede uluslararası finans/ekonomi-politika alanında doktora tez çalışmasını sürdürüyor.
Bankacılık hayatına Albaraka Türk Katılım Bankası’nda başlayan Çetinkaya, uluslararası bankacılık ve hazine alanlarında çeşitli görevlerde bulundu. 2003 yılından itibaren kariyerine Türkiye Halk Bankası’nda devam eden Çetinkaya, sırasıyla Uluslararası Bankacılık ve Yapılandırılmış Finansman Daire Başkanı ve Uluslararası Bankacılık ve Yatırımcı İlişkilerinden Sorumlu Genel Müdür Yardımcısı olarak görev yaptı. Bu dönemde Banka’nın çeşitli iştiraklerinde, son iki yıl ise Halk Yatırım Menkul Değerler AŞ’de yönetim kurulu üyesi olarak görev aldı.
Murat Çetinkaya, 2008 yılından Merkez Bankası başkan yardımcılığına atandığı tarihe kadar, Kuveyt Türk Katılım Bankası AŞ’de Hazine, Uluslararası Bankacılık ve Yatırım Bankacılığından Sorumlu Genel Müdür Yardımcısı olarak görev yaptı.